En 1993 un grupo de personas creó la Asociación Promotora San Juan Bautista. Tras la aprobación de la Resolución N° 224-97 por el Consejo Nacional de Autorización de Funcionamiento de Universidades (CONAFU), el 8 de abril de 1997 el nombre de la Asociación Promotora cambió a su denominación actual: “Universidad Privada San Juan Bautista”, fundándose esta casa de estudios bajo la dirección de José Luis Elías Ávalos.

Esta aprobación para el funcionamiento de la universidad fue publicada en el diario oficial “El Peruano” el 27 de marzo de 1997. Tiempo después, el 24 de junio de 2004 el CONAFU, otorgó la autorización de funcionamiento definitiva, en una extraordinaria y multitudinaria ceremonia en la Ciudad de Ica.

El nombre de la Universidad fue designado en honor al distrito centenario de Ica y por la vinculación de los promotores con la Hacienda Villa, actual local de la UPSJB.

Las primeras referencias sobre esta Casa Hacienda de Villa aparecen en la época del Virrey Marqués de Cañete, quien en el siglo XVI donó la propiedad a la Congregación Mariana de San Pablo. Años después, en 1625, los jesuitas la adquieren y la producción de la hacienda, dedicada al cultivo de la caña de azúcar y algodón crece notablemente. Los jesuitas, al observar los beneficios, deciden hacer una edificación que sirva como convento de los sacerdotes y una iglesia para el adoctrinamiento de los americanos. Con el transcurso del tiempo, la hacienda se convirtió en un centro turístico, que luego pasó a ser la sede de la Asociación Universidad Privada Peruana San Juan Bautista.

De esta manera, la Hacienda Villa pasó a ser el campus universitario de la Universidad Privada San Juan Bautista, que inicia sus actividades académicas el 13 de mayo de 1997 con el primer grupo de alumnos del Centro Pre universitario. Posteriormente, el 7 de setiembre se realiza el primer examen de admisión y el 15 del mismo mes se inician oficialmente las actividades académicas que congregaron a más de 800 alumnos ingresantes.